جنگهاي جمل و صفين پيامدهاي بسيار ناخوشايندي براي امام داشت و ايشان را بشدت رنجور کرد که از جمله موارد ذيل را مي‏توان نام برد: 1- سرپيچي و نافرماني کامل در سپاه امام تا آنجا که هيچ يک از بخشهاي آن مطيع اوامر حضرت نبودند. خودباختگي و شکست روحي، سراسر سپاه را در برگرفته بود و آنان در قبال حوادثي که روي مي‏داد بشدت زبون شده بودند. 2- معاويه پس از واقعه‏ي صفين به تقويت و حفظ لشکر خود کمر بست و در آن روح عزم و اخلاص دميد و يقين پيدا کرد که بر سپاه امام پيروز خواهد شد. 3- شهرهايي که تابع حکومت امام بودند در معرض حملات تروريستي گروههاي جنايتکاري قرار گرفتند که معاويه براي ايجاد ترس در ميان مردم آنان [ صفحه 94] را فرستاده بود. شهرهاي نزديک به پايتخت امام نيز مورد حملات سگهاي تروريست معاويه قرار گرفتند در حالي که امام نمي‏توانست از آنها دفاع کند و امنيت و استقرار را در آنها حفظ نمايد، حضرت با حرارت، سپاهيان را براي حراست از حدود و ثغور وطن از تجاوز فرامي‏خواند، ليکن هيچ يک از آنان لبيک نمي‏گفتند. 4- سپاهيان معاويه، مصر را اشغال نظامي کردند و آن را از تحت حکومت امام خارج ساختند. حکومت امام دچار شکست و عقبگرد شده و پس از اين حوادث، شکلي ميان تهي در عرصه‏ي حکومت پديدار گشت.