يکي از انتقادات خواجه بر ابوبکر اين است: «و خالف الرسول في الاستخلاف عندهم و في تولية من عزله». [1] . ابوبکر در دومورد با پيامبر مخالفت کرده: يکي در مسأله انتخاب خليفه - بنابر رأي اهل تسنن - و ديگري در دادن مسئوليت به کسي که پيامبر اکرم او را عزل کرده بود». از نظر اهل تسنن، پيامبر اکرم جانشيني براي خود تعيين نکرده است. ايراد اين است که چرا ابوبکر با پيامبر مخالفت کرد و عمر را به جانشيني خود برگزيد؟! علامه حلي در توضيح مخالفت دوم مي‏گويد: مقصود از آنکه پيامبر خدا صلي الله عليه و آله و سلم معزولش کرده، عمر است پيامبر اکرم صلي الله عليه و آله و سلم، يک بار در جنگ خيبر به او مأموريت داد و او شکست خورده برگشت و يک بار هم او را مأمور صدقات کرد و به سبب شکايت عباس - عموي پيامبر صلي الله عليه و آله و سلم - از سمت خود کنار گذاشته شد. اصحاب پيامبر صلي الله عليه و آله و سلم، از کار ابوبکر اظهار عدم رضايت کردند و طلحه به او گفت: شخصي درشتخو و خشن را بر ما ولايت و حکومت دادي. [2] . [ صفحه 73]