عمارت اول آستانه‏ي حيدريه: در حدود سال 175 ق توسط هارون‏الرشيد بنا گشت. حرم مطهر چنانکه در کتاب ارشادالقلوب ديلمي آمده است چهار درب داشت و ضريح مقدس از سنگ سفيد بوده و گنبد از گل سرخ که بالاي آن علامات سبزي نصب بود. عمارت دوم: پس از به قدرت رسيدن داعي‏الصغير از نوادگان زيد بن امام زين‏العابدين عليه‏السلام در طبرستان، عمارت دوم اين آستانه در نهايت شکوه و عظمت آغاز شد، اين عمارت هفتاد طاق داشت. ابن‏ابي‏الحديد در شرح نهج‏البلاغه خود (2 / 46 - 45) فقط به بناي گنبد اين عمارت اشاره کرده است. عمارت سوم: توسط عضدالدوله‏ي ديلمي بنا گشت و در حدود 372 ق ساختمان آن پايان يافت و اين سال وفات عضدالدوله است که حسب وصيت وي در مقبره‏ي خاصي که در عمارت آستانه قبلا پيش‏بيني شده بود دفن شد و تا عصر حاضر آن حجره به مقابر سلاطين آل‏بويه معروف است و نيز وي اولين شخصي بود که در آستانه‏ي حضرت اميرالمؤمنين علي عليه‏السلام دفن شد. عضدالدوله عمارت آستانه را در نهايت شکوه و عظمت بنا کرد و اموال زيادي صرف نمود و معماران و هنرمندان را از اطراف و اکناف براي اين کار دعوت کرد. و همچنين تمام سلاطين اين خاندان و وزراي آنان در تعمير و تزيين اين آستانه نهايت اهتمام را داشتند. عضدالدوله علاوه بر بناي عمارت آستانه‏ي حضرت اميرالمؤمنين علي عليه‏السلام، شهر نجف اشرف را هم بنا نمود و در آن خانه‏هاي بسيار و حمامها و بازارهاي متعدد تأسيس و شيعيان را تشويق به سکونت در آنجا کرد و خدمه‏اي براي آستانه تعيين و موقوفات زيادي وقف آن نمود. ابن‏بطوطه که به سال 727 ق وارد نجف شد در سفرنامه‏اش مي‏نويسد: «از باب حضرت وارد مدرسه‏ي بزرگي مي‏شوند که طلاب و صوفيان شيعه در آن سکونت دارند. در اين مدرسه از هر مسافر تازه وارد تا سه روز پذيرايي مي‏شود و هر روز دو بار غذايي مرکب از نان و گوشت و خرما به مهمانان مي‏دهند. از مدرسه وارد باب‏القبله مي‏شوند. حاجبان و نقيبان و سرايداران در اين محل مراقب زوار مي‏باشند و چون کسي براي زيارت [ صفحه 30] وارد مي‏شود به نسبت وضع و مقام او همگي آن جماعت يا يکي از آنها بلند مي‏شوند و با او در آستانه‏ي حرم مي‏ايستند و اذن دخول مي‏خوانند، سپس اشارت مي‏کنند که آستانه و دو طرف چارچوبه‏ي درب ورودي را ببوسد و داخل حرم بشود. داخل حرم به انواع فرشهاي ابريشمين و غيره مفروش است و قنديل‏هاي بزرگ و کوچک از طلا و نقره در آن آويخته. در وسط حرم مصطبه‏ي چهارگوشي است که صندوقي چوبين دارد و بر روي صندوق صفحات طلاي پرنقش و نگار که در ساختن آن کمال استادي و مهارت را به کار برده‏اند و با ميخ‏هاي نقره‏اي فروکوبيده‏اند چنان که هيچ چيزي از چوب نمودار نيست. ارتفاع مصطبه کمتر از ارتفاع قامت آدمي است و در آن سه قبر هست که مي‏گويند يکي از آن آدم عليه‏السلام و ديگري از آن نوح عليه‏السلام و سومي از آن علي عليه‏السلام مي‏باشد و بين اين سه قبر در طشتهاي زرين و سيمين گلاب و مشک و انواع عطريات ديگر گذاشته‏اند که زوار دست خود را در آن فروبرده به عنوان تبرک بر سر و روي خود مي‏کشند. درب ديگر حرم که آستانه‏ي نقره‏اي و پرده‏هاي ابريشمين الوان دارد به سوي مسجدي بازي مي‏شود که آن خود چهار در دارد و هر چهار درب داراي آستانه‏هاي نقره و پرده‏هاي ابريشم مي‏باشد. داخل مسجد نيز فرشهاي عالي انداخته‏اند و ديوارها و سقف آن با پرده‏هاي حرير مستور است». آتش‏سوزي آستانه‏ي علوي در قرن هشتم هجري: در سال 775 ق قسمتي از آستانه‏ي علوي دچار آتش‏سوزي گشت، مخصوصا تزيين ديوارها که تمامي آن از چوب ساج و آيينه‏کاري و نقاشي نفيس شده بود و پرده‏هاي حرير و فرشهاي آستانه همگي طعمه‏ي حريق گشت. شيخ کمال‏الدين عبدالرحمن عتايقي حلي نجفي که خود آتش‏سوزي آستانه‏ي علوي را مشاهده نموده بود، بدون اينکه حجم و مقدار خسارت حريق اشاره نمايد در آخر کتاب شرح الفصول الايلاقيه خود مي‏نويسد تأليف اين کتاب در محرم سنه‏ي 755 ق، سال آتش‏سوزي در آستانه‏ي علوي، پايان گرفت سپس اضافه نموده که عمارت آستانه در سنه‏ي 760 ق تجديد بنا شد. ابن‏عنبه که کتاب عمدةالطالب را در سنه‏ي 812 ق تأليف نموده، به طور دقيقتر حجم و مقدار حريق را مشخص مي‏کند و تأکيد دارد که قسمتي از تزيين عمارت آستانه‏ي [ صفحه 31] علوي دچار حريق شد و قسمتي از عمارت آستانه که قبور سلاطين آل‏بويه را دربر داشت سالم ماند، خزانه‏ي (کتابخانه‏ي) آستانه‏ي حضرت اميرالمؤمنين عليه‏السلام که پس از هجرت شيخ طوسي به نجف اشرف مورد توجه علماي شيعه قرار گرفته بود و اکثر مؤلفين نسخه‏اي (و غالبا نسخه‏ي اصلي) از دست‏نويس خود را به اين آستانه اهدا مي‏کردند، در اين آتش‏سوزي کلا طعمه‏ي حريق گشت. از جمله نفايس خطي که در اين آتش‏سوزي از بين رفت قرآني بود بر پوست آهو که مي‏گويند به خط حضرت امير عليه‏السلام در سه جلد بزرگ بوده است. ناگفته نماند که يکي از مجلدات فقط حواشي آن سوخته و خطوط آن سالم مانده است. عمارت چهارم آستانه‏ي علوي: هيچ يک از محققين و مورخين اصلاح و تعميرات آستانه‏ي علوي را که پس از آتش‏سوزي صورت گرفت به شخص معيني نسبت نمي‏دهند و اين مي‏رساند که اصل عمارت عضدالدوله ديلمي سالم بوده و قسمتي از تزيينات طعمه‏ي حريق شده، سپس تزيينات حرم مطهر از طرف جمع کثيري از شيعيان و سلاطين تکامل يافته است. امروزه حرم مطهر آستانه از آثار آل‏بويه و صحن شريف، از آثار صفويه و مجموعه‏اي از شاهکارهاي معماري اسلامي در جهان به شمار مي‏رود. آستانه علوي در عصر صفويه: پس از به قدرت رسيدن سلسله‏ي صفويه در ايران و بر اساس اعتقاد راسخ سلاطين اين خاندان به حضرت اميرالمؤمنين علي بن ابي‏طالب عليهماالسلام، تعميرات آستانه‏ي علوي به دست شاه اسماعيل صفوي در سال 914 ق آغاز شد و در عصر شاه عباس و با طرح و نقشه و مهندسي شيخ بهائي صحن شريف آستانه‏ي حيدريه تکميل گشت و تزيينات و تعميرات و هدايا در دوران صفويه بدون انقطاع استمرار يافت. شاه اسماعيل صفوي در روز 25 جمادي‏الثاني سال 914 ق وارد بغداد گشت و در باغ پير بوداق منزل نمود و مورد استقبال شيعيان عراق قرار گرفت. سپس رهسپار کربلا شد و بعد به زيارت حضرت اميرالمؤمنين عليه‏السلام به نجف اشرف شتافت و هداياي نفيسي به خزانه‏ي آستانه‏ي علوي اهدا کرد و تمام حرم مطهر و رواقهاي شريف را با فرشهاي ابريشمي مفروش نمود و قنديلهاي طلا جهت روشنايي به حرم تقديم داشت و شش عدد [ صفحه 32] صندوق خاتم در حرم قرار داد. آستانه‏ي علوي در عصر نادرشاه افشار: در سال 1156 ق هنگامي که نادرشاه به زيارت آستانه‏ي علوي مشرف شد دستور داد که کاشيهاي سبزرنگي که در عصر صفويه به طرح شيخ بهايي گنبد و دو گلدسته را تزيين کرده بود بردارند و تمامي آن را با طلا تزيين کنند. وي اموال عظيمي صرف تعميرات آستانه نمود و هداياي بيشماري به خزانه‏ي علوي اهدا کرد که اکثر آنها تا عصر حاضر در خزانه‏ي آستانه‏ي علوي باقي است. گنبد آستانه که در عصر عضدالدوله سفيد بود و در عصر صفويه سبز گشته بود، در عصر نادرشاه با طلا تزيين شد و تاريخ آن را در کتيبه‏ي ايوان طلاي آستانه‏ي علوي با طلا سال 1156 ق نگاشته‏اند. اين عمل نادرشاه تأثير عميقي در قلوب شيعيان نهاد و جمعي کثير از فحول شعراي شيعه به فارسي و عربي و ترکي و هندي اشعاري به اين مناسبت سروده‏اند. همچنين نادرشاه در تزيين حرم مطهر و کاشيکاري صحن شريف کوشش بسيار کرد، از جمله‏ي آثار وي که تاکنون باقي است کاشيکاري ايوان‏العلماء جنب رواق به سمت شمال است که به مقام‏العلماء هم شهرت دارد و در اين مکان بسياري از فحول علماي شيعه و بعضي از زعماي صفويه مدفون مي‏باشند. همسر نادرشاه، رضيه بيگم دختر شاه سلطان حسين صفوي، نيز مبلغ بسياري جهت تعميرات و مرمت اماکن متبرکه وقف نمود که اکثر کاشيکاري آستانه‏ي علوي از آن محل انجام گرفت. آستانه‏ي علوي در عصر قاجاريه: هر يک از شاهان قاجاريه آثاري در اين آستانه از خود باقي گذاشته‏اند، از آن جمله آقا محمدشاه قاجار در سال 1211 ق ضريح نقره به آستانه‏ي علوي تقديم نموده، سپس فتحعلي‏شاه در سال 1236 ق تعميراتي در آستانه انجام داد که تجديد طلاي دو گلدسته‏ي آستانه از آن جمله است و بعد در سال 1262 ق به امر عباس قليخان وزير محمدشاه فرزند عباس ميرزاي قاجار ضريح ديگري از نقره به آستانه اهداء گشت.