ابن‏قتيبه در «معارف» ص 95 قبر او را در طائف، و ابن‏جوزي در «تذکرة الخواص» آرامگاه او را در ايله از نواحي شام مي‏داند، و در «حلية الأولياء» ج 3، ص 173، و «تهذيب التهذيب» ج 9، ص 355 آمده است که مدفن او در مدينه مي‏باشد؛ و ابن‏کثير ضمن نقل اين قول، آن را در بقيع دانسته است. در «معجم البلدان» ج 3، ص 387 آمده که: ساکنان جزيره‏ي خارک واقع در خليج فارس، گمان مي‏برند که قبر محمد بن حنفيه در آنجاست. حموي گويد: من اين قبر را زيارت کردم اما تواريخ اين مطلب را تأييد نمي‏کنند. اعتقاد کيسانيه مبني بر اينکه محمد حنفيه نمرده است و در کوه رضوي زندگي مي‏نمايد و همانجا خداوند روزيش را مي‏رساند، و روزي براي قيام و گستردن عدل و داد در جهان، به دنيا بازمي‏گردد؛ از جمله خرافات است، چه بر فوت محمد، تمامي مورخين اتفاق نظر دارند.