فرزند امير المؤمنين‏ «ع‏» و برادر سيد الشهدا «ع‏».مادرش خوله، دختر جعفر بن قيس‏ ملقب به حنفيه بود.وي از دلير مردان شيعه و در جنگ جمل علمدار سپاه علي‏ «ع‏» بود.در جنگ نهروان هم حضور داشت. [1] در مدينه مي‏زيست.هنگامي که سيد الشهدا «ع‏» پس از امتناع از بيعت با يزيد، قصد خروج از مدينه به سوي مکه را داشت، محمد حنفيه از کساني‏بود که اصرار داشت ابا عبدالله‏ «ع‏» نرود و پيشنهاد مي‏کرد دور از نيروهاي وابسته به‏حکومت باشد.امام نيز اصرار خويش را بر رفتن به مکه به او گفت و در وصيتنامه‏اي‏ خطاب به محمد حنفيه، آن سخنان معروف خويش را (لم اخرج اشرا و لا بطرا...) نوشت. [2] در حادثه کربلا، همکاري نداشت. دهخدا مي‏نويسد: «بعد از شهادت امير المؤمنين‏ «ع‏» مانند ساير بني هاشم گوشه گير و منزوي بود.پس از يزيد، مختار بن ابي عبيده او را امام خواند و به نام او بر عراق مستولي ‏گرديد.در سال 66 هجري عبدالله بن زبير که خود مدعي خلافت بود، وي را به بيعت و متابعت‏ خويش، اکراه مي‏کرد و او تن در نمي‏داد... فرقه کيسانيه او را امام خويش دانند و گويند به جبل رضوي زنده باشد.» [3] وي در سال 81 در ايام عبد الملک در مدينه از دنيا رفت و در بقيع به خاک سپرده شد. [4] .